Werden Chlamydieninfektionen rechtzeitig mit Antibiotika behandelt, ziehen sie in der Regel keine Folgeschäden nach sich. In den Entwicklungsländern sind Infektionen mit Chlamydia jedoch nach wie vor eine der häufigsten Ursachen von Erblindungen. Auch in den westlichen Industrienationen gehören Infektionen mit Chlamydia zu den häufigsten sexuell übertragenen Krankheiten. Besonders problematisch ist die Infektion des Genitalbereiches, weil sie hier häufig nicht sofort erkannt wird, da die Symptome denen einer harmlosen Pilzinfektion mit leichtem Ausfluss und Brennen im Intim-Bereich ähneln. Viele Frauen gehen mit solchen Beschwerden nicht zum Arzt.

Bei einer Infektion mit Chlamydia im Genitalbereich ist es zwingend notwendig, dass der Partner mit behandelt wird, da sonst die Gefahr der erneuten Ansteckung besteht. Eine unbehandelte Infektion mit Chlamydia im Genitalbereich führt bei Frauen häufig zu Verklebungen der Eileiter und dadurch im schlimmsten Falle zur Unfruchtbarkeit.

Bei ca. 80% der infizierten Menschen treten bei einer Infektion jedoch keine Symptome auf, trotzdem kann Chlamydia auch dann übertragen werden. Eine weitere Art der Chlamydien, Chlamydia pneumoniae, ist ebenfalls weit verbreitet und kann u. a. Chronischen Husten auslösen und steht im Verdacht, bei der Entstehung von Herzerkrankungen und Arteriosklerose beteiligt zu sein.